يعود تاريخ بناء مسجد الشرفاء إلى العهد المرابطي وقد سمي المسجد نسبة إلى وليين صالحيين هما سيدي محمد بن عبد الله بن منصور وحفيذه سيدي محمد بن علي اللذان يعود نسبهما إلى النبي محمد صلى الله عليه وسلم.